Bosnianska anekčná kríza sa mohla stať rozbuškou Veľkej vojny a Masaryk si pri tom opäť nabrúsil politické ostrohy. S historickým publicistom Zdeňkom Čechom o snahe Viedne zachrániť vyblednutú prestíž monarchie

Rakúska veľmoc-neveľmoc upriamila sily tam, kde cítila najmenší odpor, teda na juh. Preto Rakúsko-Uhorsko 6. októbra 1908 anektovalo Bosnu a Hercegovinu, balkánske krajiny, ktoré do tej chvíle formálne patrili pod zvrchovanosť Osmanskej ríše. V následných politických procesoch sa vyznamenal poslanec ríšskeho snemu Tomáš Garrigue Masaryk a zachránil mnohým obvineným krk.